Formation

De Master de Bioinformatique de Toulouse
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Plaquette du Master

Schéma général des études

La formation s'adresse à des étudiant(e)s de Biologie et d'Informatique.

De part son enseignement pluridisciplinaire (informatique, mathématiques, biologie et bioinformatique) et sa coloration sectorielle ciblée, cette mention ne possède qu'un seul parcours : Bioinforamtique et Biologie des Systèmes.

Master 1

Le premier semestre permet aux étudiants d'acquérir les fondements disciplinaires de la formation (informatique, mathématiques et bioinformatique).

Au premier semestre (S7), une UE au choix (Algorithmique ou Harmonisation des connaissances en Biologie) permet aux étudiants suivant leur origine (Biologie ou Informatique) d’acquérir les bases de l’autre discipline. Des UE communes leurs permettent ensuite d'acquérir les fondements disciplinaires de la formation en informatique, mathématiques et bioinformatique. En mathématiques, au travers de deux UE seront abordés d'une part le traitement statistique des données biologiques et d'autre part l'initiation théorique aux bases de l'algèbre linéaire (calcul matriciel) et de l'analyse, notamment la résolution d'équations différentielles nécessaire pour la modélisation de problèmes dynamiques. En informatique, deux UE aborderont la programmation structurée et les bases de données. Quatre UE seront dédiées aux approches de bioinformatique, l'une dédiée aux concepts et algorithmes sous-jacents aux principaux outils de comparaison de séquences biologiques, la seconde consacrée aux approches d'analyse des données de génomes, la troisième aux traitements des réseaux d'interactions moléculaires au travers de l'analyse de graphes et la quatrième présentera des approches en génétique des populations et en génétique statistique.

Semestre 7
Algorithmique/Harmonisation des connaissances en Biologie Programmation en Bioinformatique Mathématiques pour la Biologie Traitement des données biologiques Introduction aux bases de données
Bioinformatique des séquences Bioinformatique pour la génomique Traitement des graphe et réseaux biologiques Génétique évolutive et quantitative Anglais

Le second semestre (S8) propose des UE d’approfondissement en programmation (programmation orientée objet) et en bioinformatique pour le traitement des données issues des approches à haut débit. Des UE permettent d'aborder : l'extraction de connaissances à partir de grands jeux de données (Fouilles de données), le traitement des données issues des techniques de séquençage à haut débit (Traitement des données post-génomiques), l'initiation aux analyses d'évolution moléculaire. Deux UE au choix permettent d’acquérir un complément de formation soit en modélisation moléculaire, soit en mathématiques (analyses statistiques multivariées). Activités de mise en situation : Une UE de projet tutoré est proposée.

Semestre 8
Programmation avancée Fouille de données Traitement des données post-génomiques Evolution moléculaire
Projet tuteuré 2 UE au choix parmi 3 :
- Introduction à la modélisation moléculaire
- Analyse de données multivariées
- Modèle linéaire avancé
Anglais

Deux UE de langues vivantes sont proposées l'une au S7 et l'autre au S8.

De part un besoin de renforcement des compétences disciplinaires, il n'y a pas de stage obligatoire prévu durant l'année de master 1, cependant les étudiants sont fortement encouragés à effectuer un stage en fin d'année universitaire sous couvert du M1 (UE de 0 ECTS). De plus, de nombreux projets individuels ou collectifs leur sont demandés tout au long de la formation, de manière à développer leur autonomie dans le travail mais également leur aptitude à mener un projet d'équipe.

A l’issue du M1, les étudiants sauront

  • concevoir et programmer des algorithmes fondamentaux d’analyses de données biologiques,
  • créer et exploiter des bases de données,
  • réaliser des analyses de séquences,
  • utiliser les logiciels d’annotation de génomes,
  • traiter et analyser des grands jeux de données biologiques,
  • analyser des graphes et réseaux biologiques,
  • reconstruire le scénario évolutif des séquences d'une famille de gènes/protéines.

Master 2

Ce parcours accueille des étudiants détenteurs d'un M1 en Bioinformatique.

La formation théorique de 30 ECTS s'articule autour de 7 UE du premier semestre. L’accent sera mis sur la prise en compte des relations entre les objets biologiques (Biologie des systèmes), sur l’intégration des données hétérogènes (génome, transcriptome, protéome, métabolome, etc.) pour permettre une synthèse rationnelle des résultats et sur un approfondissement des méthodes et concepts de fouilles de données étudiés en master 1 (apprentissage automatique) pour enrichir leur interprétation biologique. Deux UE (pour un total de 15 ECTS) seront dédiées à la biologie des systèmes dont l'objectif est de caractériser les composants élémentaires d'un système biologique pour mettre à jour les propriétés qui résultent de leurs interactions, ceci afin de mieux comprendre le comportement dynamique du système dans sa globalité. Les enseignements, dans ces deux UE, seront réalisés sous forme d'ateliers, impliquant un travail actif de l’étudiant (par exemple, lecture de publications et synthèse pour préparer l’atelier), permettant d'approfondir la formation des étudiants à la démarche de la recherche et à l’autoformation. L'UE communication scientifique permettra aux étudiant(e)s d'acquérir la rigueur et la démarche scientifique requises pour réaliser la synthèse de travaux scientifiques et leur présentation via différents supports de communication. Finalement la connaissance du monde professionnel sera abordée dans l'UE connaissance de l'entreprise.

De même que dans le cadre du master 1, il sera demandé aux étudiants de réaliser des projets individuels ou collectifs de manière à développer leur autonomie dans le travail mais également leur aptitude à mener un projet d’équipe. Certains projets transversaux (entre différentes UE) permettront de développer leur esprit de synthèse et de transfert de connaissances (par exemple, telle approche vue dans un certain contexte pouvant être utilisée dans un autre). Ils feront l’objet de rapports écrits et de soutenances orales.

Semestre 9
Bases de données avancées Apprentissage automatique Intégration de données hétérogènes
- Biologie des systèmes I : modélisation et simulation de réseaux biologiques
- Biologie des systèmes II : Ateliers
Connaissances de l'entreprise Communication scientifique

La formation pratique (deuxième semestre), correspondant à 30 ECTS, consiste en un stage de 6 mois (de janvier à juin) soit en milieu académique, soit en entreprise, en France ou à l'étranger. Il sera validé par un rapport écrit et une soutenance orale en fin d'année.

Semestre 10
Stage


Schéma de la formation

Historique de la formation

  • 1999 : Création du DESS de Bioinformatique
  • 2005 : Réforme LMD, le DESS devient un Master 2 Professionnel
  • 2011 : Evolution du Master sur deux années de formation M1-M2I au sein de la mention Microbiologie-AgroBiosciences-Biologie des Systèmes (MABS)
  • 2016 : Mention Bioinformatique

Jusqu’en 2015 la mention Bioinformatique était enregistrée sous la dénomination mention Microbiologie-AgroBiosciences-Biologie des Systèmes (MABS) et était constitué par le parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes en première année de master et par la spécialité Bioinformatique et Biologie des Systèmes en deuxième année de master.