Le master de Bioinformatique s'est transformé à la rentrée 2022 et s'est enrichi d'un second parcours, le parcours de Bioinformatique et Génomique Environementale en complément de celui déjà existant, le parcours de Bioinformatique et Biologie des Systèmes.

La plaquette du master fournit un résumé descriptif de cette nouvelle offre de formation.

Le schéma ci-dessous présente l’organisation en UE de la mention par année et parcours :

• En vert les UE spécifiques au parcours « Bioinformatique et Génomique Environnementale » (BGE)
• En mauve les UE spécifiques au parcours « Bioinformatique et Biologie des Systèmes » (BBS)
• En gris les UE mutualisées entre les deux parcours

Le parcours BBS permettra aux étudiants d’acquérir (1) les connaissances en programmation et gestion des données pour accompagner des projets en biologie, (2) les compétences en traitements mathématiques de grands jeux de données pour en extraire les informations pertinentes, (3) les démarches pour dégager, à partir de différentes sources de données hétérogènes, les relations entre objets dans le but d'inférer des réseaux biologiques, (4) les méthodes de modélisation dynamique des réseaux biologiques pour analyser in silico leur comportement.

Ce parcours proposera une solide formation disciplinaire en Bioinformatique et en Biologie des Systèmes. Il mettra l'accent sur le traitement et l’intégration des différents types de données Omics, et sur l’inférence et la modélisation dynamique des réseaux de gènes afin de mieux comprendre le comportement dynamique du système biologique dans sa globalité.

Les principaux axes d’enseignement seront :

• en Informatique : Algorithmique et complexité, Programmation en Bioinformatique et Programmation avancée et Génie Logiciel, Introduction en bases de données et bases de données avancées,Gestion de données non structurées et les applications post-génomiques, Introduction à l'apprentissage automatique,
• en Mathématiques : Mathématiques pour la Biologie, Traitement des données Biologiques, Analyses des données multivariées, Biostatistiques : utilisation avancée du modèle linéaire,
• en Bioinformatique : Bioinformatique des séquences, Bioinformatique pour la Génomique, Traitement des graphes et réseaux, Traitement des données post-génomiques, Fouille de données,
• en Evolution : évolution moléculaire, phylogénomique, Génétique évolutive et quantitative,
• en Biologie des Systèmes

A la place de l'UE d'algorithmique et complexité, une UE Harmonisation des connaissances en Biologie sera proposée aux étudiant(e)s venant d'une licence d'Informatique.

La pédagogie fait appel le plus largement possible au travail en autonomie et/ou en groupe et s'appuie sur l'analyse des processus d'acquisition des connaissances scientifiques, des ateliers pratiques et la réalisation de projets. Le second semestre est consacré à un stage long (6 à 5 mois) dans des laboratoires de recherche ou en entreprise.

Ce parcours, mutualisé entre le master de Bioinformatique et le master Biologie, Écologie et Évolution (BEE), est donc également proposé par le master BEE.

Le parcours BGE permettra aux étudiants d’acquérir des bases conceptuelles et pratiques solides qui leur permettront de (i) traiter des données génomiques issues de prélèvements environnementaux, (ii) décrire la diversité taxonomique et fonctionnelle de ces prélèvements, (iii) modéliser les interactions entre les différentes composantes des systèmes biologiques décrits, ainsi qu’inférer leur évolution et prédire leur capacité d’adaptation, à l’aide de méthodes statistiques et d’apprentissage automatique.

Ce parcours proposera une solide formation disciplinaire en Bioinformatique, Biodiversité, Ecologie et Evolution, pour permettre de générer des connaissances sur le fonctionnement et l’évolution des organismes et écosystèmes, par l’analyse de l’information génétique ou génomique issue du séquençage non ciblé, dans un environnement donné.

Ainsi les principaux axes d’enseignement porteront sur :

• La génomique environnementale (ADN environnemental, ADN ancien, métabarcoding, métagénomique, génomique des populations, génomique écologique, génomique comparative)
• L’algorithmique et la programmation en bioinformatique, le traitement des données génomiques et post-génomiques, la phylogénomique, le traitement des graphes et réseaux.
• Les concepts clés en écologie évolutive, écologie microbienne et écologie des communautés et sur le fonctionnement des écosystèmes.
• Les traitements et modélisation statistiques des données en écologie et les modélisations par apprentissage automatique.

La pédagogie fait appel le plus largement possible au travail en autonomie et/ou en groupe et s'appuie sur l'analyse des processus d'acquisition des connaissances scientifiques, des ateliers pratiques et la réalisation de projets. Le second semestre est consacré à un stage long (6 à 5 mois) dans des laboratoires de recherche ou en entreprise.

• 1999 : Création du DESS de Bioinformatique
• 2005 : Réforme LMD, le DESS devient un Master 2 Professionnel
• 2011 : Evolution du Master sur deux années de formation M1-M2I au sein de la mention Microbiologie-AgroBiosciences-Biologie des Systèmes (MABS)
• 2016 : Mention Bioinformatique parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes
• 2022 : Création d'un second parcours Bioinformatique et Génétique Environnementale au sein de la mention Bioinformatique

Jusqu’en 2015 la mention Bioinformatique était enregistrée sous la dénomination mention Microbiologie-AgroBiosciences-Biologie des Systèmes (MABS) et était constitué par le parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes en première année de master et par la spécialité Bioinformatique et Biologie des Systèmes en deuxième année de master.