Voir la source de Competences et debouches

= Activités visées =
* Gestion et administration d’un système d’informations à travers l’administration de bases de données volumineuses et complexes de manière à pouvoir extraire des informations pertinentes dans le cadre de projets menés au sein de grandes sociétés industrielles (pharmaceutiques, semencières, phytosanitaires, cosmétiques et environnementales), de sociétés innovantes en biotechnologies, ou d'organismes de recherche académique.
* Conceptualisation des problèmes liés à l’analyse de données biologiques complexes et développement des réponses méthodologiques adaptées par leur traduction en terme d’algorithmique et leur implémentation sous forme de solutions logicielles.
* Traitement, intégration et analyse données massives, complexes et hétérogènes (génomes, données issues d'expériences à haut débit, données environnementales, données épidémiologiques, etc.) produites dans différents domaines de la biologie comme la santé, l'agronomie ou l'environnement pour en extraire des connaissances facilitant l'aide à la décision et/ou l'aide au diagnostic.
* Rédaction de documents notamment des rapports de suivi des travaux ainsi que des projets de recherche.
* Communication orale : restitution de travaux en réunion publique auprès des acteurs du domaine, animation de réunions impliquant les acteurs du domaine.
* Veille documentaire : scientifique, méthodologique, réglementaire dans le domaine d'exercice (biologie, santé, agronomie, environnement) .

= Compétences =

En cours d'élaboration

<!-- == Compétences disciplinaires ==
* Collecter, intégrer et structurer diverses sources de données biologiques hétérogènes et massives au sein d’un système de base de données pour l’analyse et l’exploitation des résultats dans le cadre d’un projet en sciences du vivant. (niveau : Maîtrise)
* Décrire, structurer et résumer une grande quantité d’informations en mettant en œuvre des tests et des analyses mathématiques et statistiques appropriés aux traitements de grands jeux de données pour soit aider à la prise de décision, soit proposer ou vérifier des hypothèses dans le cadre de recherches appliquées ou fondamentales. (niveau : Maîtrise)
* Concevoir les traitements informatiques adaptés à la résolution de questions biologiques liées à l’analyse de données complexes. (niveau : Maîtrise)
* Intégrer différentes sources de données en dégageant et interprétant en terme biologique les associations entre les différents types de données de manière à interférer des réseaux de relations pour analyser et comprendre des processus biologiques. (niveau : Maîtrise)
* Comprendre le comportement dynamique d’un système ou processus biologique et prédire son comportement dans de nouvelles conditions en représentant les connaissances scientifiques disponibles dans un modèle mathématique et en confrontant les résultats des simulations numériques aux résultats expérimentaux afin d’aider aux développements d’expérimentations plus ciblées. (niveau : Application)

== Compétences transversales ==
* Mobiliser les ressources et les résultats de ces travaux pour produire de nouvelles connaissances autour de questions de biologie systémique. (niveau : Maîtrise)
* Etablir un cahier des charges et s’y confronter pour la réalisation de projets dans le domaine du traitement de données en prenant en compte l’environnement économique, matériel et humain. (niveau : Maîtrise)
* Produire une synthèse critique de la bibliographie relative au sujet étudié en ayant évalué la pertinence des informations collectées pour proposer de nouveaux développements et/ou aborder de nouvelles questions de recherche appliquée ou fondamentale. (niveau : Maîtrise)
* Défendre un projet et/ou des résultats en utilisant les moyens de communication adéquats lors de réunions d’équipe, conférences ou jurys. (niveau : Maîtrise)
* Travailler dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens, informaticiens) au sein d’une entreprise ou d’une institution de recherche tout en faisant preuve d’autonomie et d’initiatives. (niveau : Maîtrise)
* Comprendre au moins une langue étrangère et s’exprimer aisément à l’oral et à l’écrit dans cette
langue. (niveau : Maîtrise) -->

= Insertion professionnelle =

Le parcours Bioinformatique et Génomique Environnementale n'ouvrant qu'en septembre 2022, les données suivantes proviennent du parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes.

Sur les deux années de l'accréditation actuelle (2017 à 2018), 96% des étudiants se sont insérés professionnellement, dont 37% ont obtenu un poste d'ingénieurs en CDD, 19% un poste en CDI, 41% ont poursuivi en thèse. 

Pour ceux n'ayant pas poursuivi en thèse, les niveaux d’emploi correspondent à leur formation c'est-à-dire niveau cadre et plus précisément celui d'ingénieurs d'étude.

La période de recherche d'emploi après l'obtention du diplôme a été dans la majorité des cas inférieure à 6 mois.

{|class="wikitable" style="width: 85%;"
| style="width: 30%"|[[Image:insertion_pro_2017-18.png|thumb|250px|Insertion professionnelle des diplômés de 2017 à 2018. Données recueillies en janvier 2019 par la responsable de formation (100% des diplômés ont répondu)]]
|style="width:30%"|[[Image:Duree_recherche_emploi_2017-18.png|center|thumb|250px|Durée de la recherche d'emploi à l'issue du stage de M2 des diplômés de 2017 à 2018. Données recueillies en janvier 2019 par la responsable de formation (100% des diplômés ont répondu)]]
|}

Pour avoir une vision plus globale de l'insertion à l'issue du stage de M2, les données concernant les trois dernières promotions du parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes du master Microbiolgie-AgroBiosciences-Bioinformatique et Biologie des Systèmes (MABS) ont été incluses dans le tableau suivant. En effet, les compétences et connaissances attendues à l’issue du master de Bioinformatique sont en grande partie équivalentes à celles du parcours  Bioinformatique et Biologie des Systèmes du master MABS .

{| align="center" class="wikitable" "
|+ style="caption;font-size:13px;" |Insertion professionnelle des diplômés de 2014 à 2018
|-
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px"| Promotion
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | Nb étudiant(e)s M2
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | Thèse
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | CDD
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | CDI
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | Poursuite d'étude
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | Recherche d'emploi
! scope="col" style=" background-color:#0489B1;color:white; font-size:12px" | Sans réponse
|-
!scope="row" style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|2017-18
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|17
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|5
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|8
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|3
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|1
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
|-
!scope="row" style="background-color:white; font-size:12px"|2016-17
!style="background-color:white; font-size:12px"|10
!style="background-color:white; font-size:12px"|6
!style="background-color:white; font-size:12px"|2
!style="background-color:white; font-size:12px"|2
!style="background-color:white; font-size:12px"|0
!style="background-color:white; font-size:12px"|0
!style="background-color:white; font-size:12px"|0
|-
!scope="row" style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|2015-16
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|15
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|5
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|6
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|1
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|3
|-
!scope="row" style="background-color:white; font-size:12px"|2014-15
!style="background-color:white; font-size:12px"|17
!style="background-color:white; font-size:12px"|2
!style="background-color:white; font-size:12px"|7
!style="background-color:white; font-size:12px"|5
!style="background-color:white; font-size:12px"|1
!style="background-color:white; font-size:12px"|0
!style="background-color:white; font-size:12px"|2
|-
!scope="row" style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|2013-14
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|12
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|2
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|7
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|0
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|3
|-
!scope="row" style="background-color:white; font-size:12px"|'''Total'''
!style="background-color:white; font-size:12px"|71
!style="background-color:white; font-size:12px"|20
!style="background-color:white; font-size:12px"|30
!style="background-color:white; font-size:12px"|11
!style="background-color:white; font-size:12px"|1
!style="background-color:white; font-size:12px"|1
!style="background-color:white; font-size:12px"|8
|-
!scope="row" style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|% calculé sur les répondant(e)s
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|63 (88.7%)
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|'''31.7%'''
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|'''47.6%'''
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|'''17.5%'''
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|'''1.6%'''
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|'''1.6%'''
!style="background-color:#E0F2F7; font-size:12px"|
|}

'''Situation des diplômés en janvier 2019 à plus de 30 mois (promotions 2014 à 2016) :'''
* 30.6% en thèse
* 16.7% en CDD
* 50% en CDI
*2.8% en postdoctorat
 
== Débouchés professionnels ==
===Secteurs d'activités ===
'''Parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes'''

Les débouchés professionnels se situent dans les secteurs d’activités faisant appel aux traitements informatiques et mathématiques des données biologiques, notamment en agroalimentaire, environnement et santé : grandes sociétés industrielles (pharmaceutiques, semencières, phytosanitaires, cosmétiques et environnementales), sociétés innovantes en biotechnologies, laboratoires de recherche académique. Les diplômé.e.s du master peuvent prétendre à des fonctions d'ingénieur.e d'étude et de recherche en entreprise (services R&D) et dans les centres et instituts de recherche, d'ingénieur.e.s d’étude sur des plateformes technologiques, de conseiller.ère.s et chargé.e.s d’étude, de mission ou de recherche en bioinformatique et traitement de l’information. Les diplômé.e.s du master peuvent également poursuivre en doctorat.

'''Parcours Bioinformatique et Génomique Environnementale'''

Les Débouchés professionnels sont nombreux, tant dans la recherche académique en bioinformatique, écologie, biologie évolutive, biologie de la conservation et biologie médicale, que dans la recherche-développement en entreprises, par exemple dans le secteur de l’agroalimentaire, de la nutrition humaine et animale, de l’agro-écologie ou de la valorisation des déchets organiques.

=== Nos partenaires : laboratoires & entreprises ===

Voici par exemple quelques laboratoires et entreprises du pôle Toulousain en appui du master de Bioinformatique :

''Laboratoires :''
* domaines de l’écologie et de l’environnement : EDB (UMR 5174 CNRS-UPS-ENFA), LEFE (UMR 5245 CNRS-UPS-INPT), SETE* (UMR 5321 CNRS/UPS), AMIS (UMR5288).
* domaines de l’agronomie et de la génétique animale et végétale : GenPhySe (UMR 1388 INRAEE), LIPM* (UMR CNRS/INRAE 2594/441), MIAT (UPR 0875 INRAE), Toxalim (UMR 1331 INRAE-ENVT/EI-Purpan), LRSV* (UMR 5546 CNRS/UPS).
* biologie microbienne : LMGM-CBI (UMR 5100 CNRS/UPS) ; TBI (INSA/CNRS 5504, UMP INSA/INRAE 792), IPBS(UMR 5089 CNRS/UPS.
* biologie médicale et eucaryote : STROMALab (UMR CNRS 5273, U1031 Inserm, EFS-PM, UPS), I2MC Obesity Research Laboratory (UPS INSERM U1048), CPTP (INSERM UMR 1043 CNRS UMR 5282 UPS), MCD-CBI(UMR 5077 CNRS/UPS), IPBS(UMR 5089 CNRS/UPS.
* en informatique : IRIT (UMR 5505 UPS/CNRS/INP/UT1/UT2J)
<p><font size="1">
 * laboratoires partenaires de la Fédération de Recherche 3450 (Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité-AIB) et du laboratoire d’excellence (Labex) TULIP</font></p>

''Entreprises :'' 
* Vaiomer(Microbiome analysis in blood and tissues)
* GenoSkin (skin & immunology)
* Pierre Fabre (cosmetic)
* Innolea (improvement of rapeseed and sunflower by promoting their adaptation to stressful environmental conditions)
* Syngenta (agriculture)
* les plateformes bioinformatique, bioinformatique et protéomique de la Génopole  Toulouse qui bien qu’étant rattachées au monde académique sont au service de la R&D en Biologie.