Descriptif des enseignements : Différence entre versions
De Master de Bioinformatique de Toulouse
(→Master 1 - Semestre 7) |
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===Bioanalyse=== | ===Bioanalyse=== | ||
<font face = "Times New Roman" size = "3"> | <font face = "Times New Roman" size = "3"> | ||
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Algorithmes - Notions de base. Thomas H. Cormen. Dunod, 2013.<br> | Algorithmes - Notions de base. Thomas H. Cormen. Dunod, 2013.<br> | ||
Unix, Initiation et utilisation : Colin, Armspach, Ostré-Waerzeggers, Dunod, 2004 <br> | Unix, Initiation et utilisation : Colin, Armspach, Ostré-Waerzeggers, Dunod, 2004 <br> | ||
| − | + | competences=Modéliser un problème simple et savoir implémenter un algorithme pour le résoudre. | |
Analyser la complexité d’algorithmes itératifs et de structures de données.| | Analyser la complexité d’algorithmes itératifs et de structures de données.| | ||
keywords=Algorithmique ; structures ; instructions conditionnelles ; séquences nucléiques et protéiques ; annotations structurées ; complexité asymptotique | keywords=Algorithmique ; structures ; instructions conditionnelles ; séquences nucléiques et protéiques ; annotations structurées ; complexité asymptotique | ||
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===Programmation en bioinformatique=== | ===Programmation en bioinformatique=== | ||
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'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
Apprendre à programmer avec Python 3, Gérard Swinnen, Eyrolles<br> | Apprendre à programmer avec Python 3, Gérard Swinnen, Eyrolles<br> | ||
| − | + | competences=Maîtriser les notions fondamentales théoriques et pratiques d'un langage impératif | |
Savoir décomposer un problème en petits sous-problèmes et être capable d'implémenter une solution | Savoir décomposer un problème en petits sous-problèmes et être capable d'implémenter une solution | ||
| − | Savoir comment évaluer la performance d'un programme | + | Savoir comment évaluer la performance d'un programme |
'''Mots clefs''' : | '''Mots clefs''' : | ||
Algorithmique ; structures ; instructions conditionnelles ; programmation impérative ; Biopython ; séquences génomiques nucléiques et protéiques ; annotations structurées ; ontologies | Algorithmique ; structures ; instructions conditionnelles ; programmation impérative ; Biopython ; séquences génomiques nucléiques et protéiques ; annotations structurées ; ontologies | ||
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'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod<br> | Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod<br> | ||
| − | + | competences=Savoir utiliser des outils mathématiques d'algèbre linéaire, d'analyse et de probabilités pour représenter et analyser des données biologiques, modéliser des problèmes dynamiques. | |
'''Mots Clefs''' : systèmes linéaires ; vecteurs/valeurs propres ; équations différentielles ; probabilités | '''Mots Clefs''' : systèmes linéaires ; vecteurs/valeurs propres ; équations différentielles ; probabilités | ||
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'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
The R Book (Mickael J Crawley)<br> | The R Book (Mickael J Crawley)<br> | ||
| − | + | competences=Savoir décrire des données biologiques (incluant des données de transcriptome). Savoir tester des hypothèses liées aux données biologiques récoltées suite à l'experimentation/l'échantillonnage, et utiliser des approches statistiques courantes en sciences biologiques. Savoir interpréter biologiquement les résultats du traitement statistique. Maitriser un outil informatique appliqué à l’analyse statistique (logiciel R). | |
'''Mots clefs''' : statistiques descriptives ; probabilités ; échantillonnage ; test statistique ; analyse transcriptomique | '''Mots clefs''' : statistiques descriptives ; probabilités ; échantillonnage ; test statistique ; analyse transcriptomique | ||
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'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
Gardarin G., "Bases de données", Edition Eyrolles, 2003 (ISBN 2-212-11281-5).<br> | Gardarin G., "Bases de données", Edition Eyrolles, 2003 (ISBN 2-212-11281-5).<br> | ||
| − | + | competences=<br/> | |
* Maîtriser les concepts fondamentaux des bases de données relationnelles | * Maîtriser les concepts fondamentaux des bases de données relationnelles | ||
* Savoir concevoir une base de données relationnelle | * Savoir concevoir une base de données relationnelle | ||
| − | * Maîtriser le langage SQL | + | * Maîtriser le langage SQL |
'''Mots Clefs''' : bases de données relationnelles ; modélisation ; algèbre relationnelle ; LDD ; LMD ; language SQL | '''Mots Clefs''' : bases de données relationnelles ; modélisation ; algèbre relationnelle ; LDD ; LMD ; language SQL | ||
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Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. 2010. D. Tagu, J.L. Risler, coord. Ed Quae <br> | Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. 2010. D. Tagu, J.L. Risler, coord. Ed Quae <br> | ||
Bioinformatique - Cours et applications. 2ème édition. 2015. G. Deléage et M. Gouy. Dunod <br> | Bioinformatique - Cours et applications. 2ème édition. 2015. G. Deléage et M. Gouy. Dunod <br> | ||
| − | + | competences=Etre capable d'élaborer une stratégie et de choisir et utiliser les méthodes ad hoc pour comparer des ensembles de séquences et en dégager des informations pertinentes. | |
'''Mots clefs''' : Algorithmes pour la comparaison de séquences ; heuristique ; profils | '''Mots clefs''' : Algorithmes pour la comparaison de séquences ; heuristique ; profils | ||
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'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill <br> | Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill <br> | ||
| − | + | competences=Générer, éditer, manipuler et visualiser différents types de graphes. | |
Elaborer et mettre en œuvres des méthodes originales de parcours de réseaux biologiques. | Elaborer et mettre en œuvres des méthodes originales de parcours de réseaux biologiques. | ||
| − | Comparer les résultats de différentes méthodes de partitionnement de graphes, sélectionner les résultats biologiquement pertinents et interpréter les communautés obtenues. | + | Comparer les résultats de différentes méthodes de partitionnement de graphes, sélectionner les résultats biologiquement pertinents et interpréter les communautés obtenues. |
'''Mots Clefs''' : parcours ; plus courts chemins ; marches aléatoires ; partitionnement de graphes ; détection de communautés ; modularité ; réseau d'interaction ; réseau de régulation ; réseau métabolique | '''Mots Clefs''' : parcours ; plus courts chemins ; marches aléatoires ; partitionnement de graphes ; détection de communautés ; modularité ; réseau d'interaction ; réseau de régulation ; réseau métabolique | ||
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Précis de génétique des populations (Jean-Pierre Henry, Pierre-Henry Gouyon, ed Dunond) <br> | Précis de génétique des populations (Jean-Pierre Henry, Pierre-Henry Gouyon, ed Dunond) <br> | ||
Introduction to quantitative genetics (Falconer & Mackay) Handbook of statistical genetics (Balding, Bishop, Cannings)<br> | Introduction to quantitative genetics (Falconer & Mackay) Handbook of statistical genetics (Balding, Bishop, Cannings)<br> | ||
| − | + | competences=Savoir mesurer le polymorphisme génétique des populations, et connaitre l'effet des systèmes de reproduction et des forces évolutives sur la diversité allélique et génotypique. | |
Savoir décrire un caractère quantitatif et évaluer l'importance des gènes et de l'apparentement dans la variabilité du caractère (héritabilité). | Savoir décrire un caractère quantitatif et évaluer l'importance des gènes et de l'apparentement dans la variabilité du caractère (héritabilité). | ||
| − | Connaitre le principe des approches de cartographie génétique des caractères quantitatifs (QTL, association). | + | Connaitre le principe des approches de cartographie génétique des caractères quantitatifs (QTL, association). |
'''Mots Clef'''s : génétique ; population ; évolution ; caractère quantitatif ; cartographie génétique | '''Mots Clef'''s : génétique ; population ; évolution ; caractère quantitatif ; cartographie génétique | ||
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= Master 1 - Semestre 8 = | = Master 1 - Semestre 8 = | ||
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** Introduction aux interfaces graphiques et à la programmation événementielle <br> | ** Introduction aux interfaces graphiques et à la programmation événementielle <br> | ||
'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
| − | + | competences=Être capable de modéliser et développer une application complète (avec, par exemple, la gestion de la lecture et écriture dans des fichiers, et la conception d'une interface graphique) en utilisant la programmation orientée objet. | |
'''Mots Clefs''' : Modélisation objet ; UML ; Programmation orientée objet ; JAVA ; Classes ; Objets ; Héritage | '''Mots Clefs''' : Modélisation objet ; UML ; Programmation orientée objet ; JAVA ; Classes ; Objets ; Héritage | ||
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Références <br> | Références <br> | ||
Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.<br> | Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.<br> | ||
| − | + | competences=Constituer un jeu de données d'apprentissage pour l'inférence d'un modèle prédictif. | |
Evaluer les performances d'une méthode de classification, d'un classificateur, ou d'un jeu de paramètres. | Evaluer les performances d'une méthode de classification, d'un classificateur, ou d'un jeu de paramètres. | ||
| − | Sélectionner et mettre en œuvre une méthode de clustering ainsi que évaluer et interpréter le résultat obtenu | + | Sélectionner et mettre en œuvre une méthode de clustering ainsi que évaluer et interpréter le résultat obtenu |
'''Mots Clefs''' : prétraitement des données ; classification et prédiction ; caractérisation et discrimination ; règles d’association | '''Mots Clefs''' : prétraitement des données ; classification et prédiction ; caractérisation et discrimination ; règles d’association | ||
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Datta and Nettelton. Statistical Analysis of Next Generation Sequencing Data, 2014. <br> | Datta and Nettelton. Statistical Analysis of Next Generation Sequencing Data, 2014. <br> | ||
Wu and Choudry, Next Generation Sequencing in Cancer Research, 2013.<br> | Wu and Choudry, Next Generation Sequencing in Cancer Research, 2013.<br> | ||
| − | + | competences=L'étudiant acquiera des compétences variées en analyse de données haut-débit de types séquençage nouvelle génération et spectrométrie de masse. L'étudiant sera ainsi capable d'utiliser les outils les plus populaires pour l'analyse de données haut-débit tels que le logiciel R, mais sera aussi en mesure d'interpréter et d'intégrer les données dans leur contexte biologique. | |
'''Mots Clefs''' : Haut-débit ; Assemblage de génome ; SNP ; RNA-seq ; small RNA-seq ; Protéomique | '''Mots Clefs''' : Haut-débit ; Assemblage de génome ; SNP ; RNA-seq ; small RNA-seq ; Protéomique | ||
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Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire (2010). Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet. Collection IRIS, Springer <br> | Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire (2010). Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet. Collection IRIS, Springer <br> | ||
Computational Molecular Evolution. Ziheng Yang. Oxford University Press.<br> | Computational Molecular Evolution. Ziheng Yang. Oxford University Press.<br> | ||
| − | + | competences=Mettre en œuvre une analyse évolutive des séquences d'une famille de gènes/protéines en utilisant les bonnes pratiques du choix du modèle évolutif le plus adapté aux données et des méthodes de reconstruction d'arbres. | |
Evaluer les différents types de sélection et leur impact sur le polymorphisme des séquences, et mettre en oeuvre une méthode de recherche de traces de sélection (tests de neutralité). | Evaluer les différents types de sélection et leur impact sur le polymorphisme des séquences, et mettre en oeuvre une méthode de recherche de traces de sélection (tests de neutralité). | ||
| − | Interpréter un arbre phylogénétique pour proposer un scénario évolutif des séquences analysées. | + | Interpréter un arbre phylogénétique pour proposer un scénario évolutif des séquences analysées. |
'''Mots Clefs''' : évolution ; méthodes de reconstruction d’arbre phylogénétique ; congruence ; bootstrap ; sélection naturelle ; dérive | '''Mots Clefs''' : évolution ; méthodes de reconstruction d’arbre phylogénétique ; congruence ; bootstrap ; sélection naturelle ; dérive | ||
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PMI, management de projet : un référentiel de connaissances, AFNOR, 2004 <br> | PMI, management de projet : un référentiel de connaissances, AFNOR, 2004 <br> | ||
Management d'un projet système d'information : principes, techniques, mise en œuvre et outils, Chantal Morley, Dunod, 2006<br> | Management d'un projet système d'information : principes, techniques, mise en œuvre et outils, Chantal Morley, Dunod, 2006<br> | ||
| − | + | competences=maîtrise des techniques de management des projets informatiques dans le domaine de la bioinformatique | |
'''Mots Clefs''' : méthodologie de travail ; travail en groupe ; suivi de projet ; techniques web | '''Mots Clefs''' : méthodologie de travail ; travail en groupe ; suivi de projet ; techniques web | ||
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"Molecular Modelling for Beginners", Alan Hinchliffe, John Wiley & Sons Ltd, 2003.<br> | "Molecular Modelling for Beginners", Alan Hinchliffe, John Wiley & Sons Ltd, 2003.<br> | ||
"Molecular Modeling and Simulation", Tamar Schlick, Springer-Verlag New York Inc., 2010.<br> | "Molecular Modeling and Simulation", Tamar Schlick, Springer-Verlag New York Inc., 2010.<br> | ||
| − | + | competences=Savoir créer une molécule et savoir déterminer sa structure optimale, tant in vacuo que dans un complexe récepteur-ligand. | |
'''Mots Clefs''' : Visualisation et manipulation de molécules ; structure et dynamique moléculaire ; champs de force ; minimisation d'énergie ; complexe récepteur-ligand | '''Mots Clefs''' : Visualisation et manipulation de molécules ; structure et dynamique moléculaire ; champs de force ; minimisation d'énergie ; complexe récepteur-ligand | ||
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'''Références''' | '''Références''' | ||
An introduction to Systems Biology: Design principles of Biological Circuits (2007). Uri Alon. Chapman & Hall/CRC <br> | An introduction to Systems Biology: Design principles of Biological Circuits (2007). Uri Alon. Chapman & Hall/CRC <br> | ||
| − | + | competences=Intégrer différentes sources de données en dégageant et interprétant en terme biologique les associations entre les différents types de données de manière à inférer des réseaux de relations pour analyser et comprendre des processus biologiques | |
'''Mots Clefs''' : Biologie des systèmes ; intégration des données ; systèmes biologiques dynamiques ; réseaux d'interactions ; modélisation | '''Mots Clefs''' : Biologie des systèmes ; intégration des données ; systèmes biologiques dynamiques ; réseaux d'interactions ; modélisation | ||
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Différentes problématiques scientifiques en relation avec la biologie des systèmes seront abordées sous forme d'ateliers ce qui requerra une participation active des étudiants comme par exemple la préparation de l'atelier par la lecture et la présentation orale de publications scientifiques sur le sujet, réalisation de projets personnels ou en groupe, etc.<br> | Différentes problématiques scientifiques en relation avec la biologie des systèmes seront abordées sous forme d'ateliers ce qui requerra une participation active des étudiants comme par exemple la préparation de l'atelier par la lecture et la présentation orale de publications scientifiques sur le sujet, réalisation de projets personnels ou en groupe, etc.<br> | ||
Parmi les problématiques qui seront abordées, nous pouvons citer : l'analyse topologique et la visualisation des réseaux métaboliques, ainsi que l'analyse du flux des métabolites dans ces réseaux, l'analyse des données de métagénomiques pour l'identification et la caractérisation de communautés microbienne, la génétique statistique, incluant la génétique des populations, la génétique quantitative et les modèles qui y sont attachés, la cartographie génétique. Cette liste n’est pas exhaustive et pourra évoluer d’année en année en fonction de l’évolution de la discipline. | Parmi les problématiques qui seront abordées, nous pouvons citer : l'analyse topologique et la visualisation des réseaux métaboliques, ainsi que l'analyse du flux des métabolites dans ces réseaux, l'analyse des données de métagénomiques pour l'identification et la caractérisation de communautés microbienne, la génétique statistique, incluant la génétique des populations, la génétique quantitative et les modèles qui y sont attachés, la cartographie génétique. Cette liste n’est pas exhaustive et pourra évoluer d’année en année en fonction de l’évolution de la discipline. | ||
| − | + | De plus, dans la mesure du possible, des conférences-débats seront organisées avec des professionnels de manière à mettre en contact les étudiants avec le monde de la recherche et de l'innovation. | |
'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
| − | + | competences=Comprendre le comportement dynamique d'un système ou processus biologique et prédire son comportement dans de nouvelles conditions en représentant les connaissances scientifiques disponibles dans un modèle mathématique et en confrontant les résultats des simulations numériques aux résultats expérimentaux afin d'aider aux développements d'expérimentations plus ciblées. | |
'''Mots Clefs''' : Biologie des Systèmes ; systèmes biologiques dynamiques ; métabolomique ; modélisation ; simulation | '''Mots Clefs''' : Biologie des Systèmes ; systèmes biologiques dynamiques ; métabolomique ; modélisation ; simulation | ||
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En pratique, chaque étudiant se verra proposer une publication scientifique en relation avec les thématiques abordées dans les UE de biologie des systèmes 1 et 2. L'étudiant devra présenter cette publication à l'oral avec un support écrit en anglais. Le thème de cette publication servira de point de départ pour la synthèse et la rédaction de la mini-revue dont le format suivra celui demandé pour l'écriture d'une revue dans un journal international. <br> | En pratique, chaque étudiant se verra proposer une publication scientifique en relation avec les thématiques abordées dans les UE de biologie des systèmes 1 et 2. L'étudiant devra présenter cette publication à l'oral avec un support écrit en anglais. Le thème de cette publication servira de point de départ pour la synthèse et la rédaction de la mini-revue dont le format suivra celui demandé pour l'écriture d'une revue dans un journal international. <br> | ||
'''Références''' <br> | '''Références''' <br> | ||
| − | + | competences=Produire une synthèse critique de la bibliographie relative au sujet étudié en ayant évalué la pertinence des informations collectées pour proposer de nouveaux développements et/ou aborder de nouvelles questions de recherche appliquée ou fondamentale. | |
'''Mots Clefs''' : analyse critique de publication ; rédaction scientifique ; recherche bibliographique ; présentation orale | '''Mots Clefs''' : analyse critique de publication ; rédaction scientifique ; recherche bibliographique ; présentation orale | ||
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Version actuelle en date du 8 février 2022 à 16:47